GENÉTICA MOLECULAR - DESAFIO

Após sua obtenção, as sequências de DNA podem ser submetidas à análise da presença de ORFs (open reading frames), as fases abertas de leitura. As ORFs são sequências de DNA que possuem os requisitos básicos para codificar uma proteína. A análise em bioinformática por algoritmos que se baseiam em códigos genéticos descritos é capaz de determinar a existência de uma ORF em qualquer sequência de DNA.

Analisei as sequências enviadas para nossa atividade e me surpreendi ao determinar que 50% possuem ORF. Fiquei mais feliz ainda em saber que 8,5% são ORFs completas, ou seja, os 150 nucleotídeos seriam traduzidos.

Então proponho um desafio:

Vocês (somente os que se deram ao trabalho de enviar a sequência de 150 nucleotídeos, obviamente) devem acessar o site http://www.bioinformatics.org/sms2/orf_find.html
Este é um dos inúmeros sites que fornecem análise de presença de ORFs grátis na rede. Ao abrir a página inicial, insira sua sequência que está postada no blog na caixa contendo uma sequência de exemplo, substituindo o (;) que antecede o nome por (>). Você ficará com uma sequência assim:
>MARCELO LIMA
ATGCGTAGACGTCAGTCAGTCGATCATGCATCGATCGATCGATCGATCGAGCTACGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGACTGATCGATCAGCGACTAGACGATCGATCGATCGACTAGCTGACTACTGATCGATCG.
Esta sequência, feita no momento da redação do texto, forneceu o seguinte resultado, que é aberto em uma janela no seu computador após você clicar em "SUBMIT":

ORF Finder results
Results for 150 residue sequence "MARCELO LIMA" starting "ATGCGTAGAC"
>ORF number 1 in reading frame 1 on the direct strand extends from base 1 to base 147.
ATGCGTAGACGTCAGTCAGTCGATCATGCATCGATCGATCGATCGATCGAGCTACGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGACTGATCGATCAGCGACTAGACGATCGATCGATCGACTAGCTGACTACTGA
>Translation of ORF number 1 in reading frame 1 on the direct strand.
MRRRQSVDHASIDRSIELRSIDRSIDRSIDRSTDRSATRRSIDRLADY*

A leitura que fazemos é "Uma sequência de 150 nucleotídeos que contém uma fase aberta de leitura (ORF) do nucleotídeo 1 ao 147".


Pois bem, o desafio é o seguinte: Quem tiver fase aberta de leitura e me avisar até o dia da P2 ganha 0,5 na prova. Se a fase de leitura for completa ganha 1,0.
È pegar ou largar..............
Boa sorte!